Расшифровка микробиома прерий Канзаса

Ученые из Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL) провели одно из самых детальных на сегодня исследований метагенома почвы, реконструировав части геномов 129 видов микробов из образца почвы с нетронутой прерии Канзаса. Это включает первое в истории восстановление полного генома одного микроорганизма непосредственно из сложной почвенной среды.

Исследование почвенного микробиома имеет решающее значение для понимания глобальных процессов, таких как круговорот углерода, здоровье растений и последствия изменения климата. Микробы в почве во многом определяют, как планета запасает углерод и когда он высвобождается в окружающую среду. Несмотря на свою важность, почвенный микробиом, отличающийся колоссальным разнообразием, остается крайне сложным для изучения.

«Почва — одна из самых сложных и разнообразных экосистем на планете. Представьте, что вы берете толстую книгу, написанную на сотнях языков, разрезаете её на кусочки размером с рисовое зерно, а затем пытаетесь снова собрать её воедино», — пояснил первый автор исследования Ричард Аллен Уайт III. Ключом к успеху стало использование мощных суперкомпьютеров в PNNL и EMSL (Лаборатории экологических молекулярных наук), а также комбинации современных методов секвенирования и сборки геномов.